Phần lớn cá da trơn là các động vật ăn đáy, nghĩa là chúng thông thường gắn liền với tầng đáy của cột nước[24]. Tuy nhiên, một vài loài là các động vật sinh sống ở tầng mặt[24].

Hành vi kiếm ăn và thức ăn của các loài cá da trơn cũng phụ thuộc vào từng loài. Các loài trong họ Trichomycteridae ăn các loại tảo, vảy cá, nước nhầy, xác chết thối, hay thậm chí là máu (như ở loài candiru[31]. Các loài trong chi Panaque và một vài loài của chi Hypostomus là duy nhất trong số các loài cá da trơn vì khả năng ăn và tiêu hóa gỗ[32]. Các thành viên của chi Amaralia (họ Aspredinidae) lại chỉ chuyên ăn trứng của Loricariidae[33].

Các đại diện của một vài họ cá da trơn sử dụng các ngạnh vây ức để tạo ra âm thanh, bao gồm các thành viên của họ Aspredinidae, Mochokidae, Doradidae, Pimelodidae, Ictaluridae. Cá da trơn phát ra âm thanh khi phải phòng thủ hoặc là hành động xoa dịu khi bị tấn công bởi cá đồng loài. Chúng cũng phát ra âm thanh khi bị bắt hay bị kích động[34].

Đối với các loài cá da trơn, việc thụ tinh cho trứng có thể diễn ra bên trong, bên ngoài, hay thậm chí là việc truyền tinh dịch theo đường tiêu hóa của cá cái, được gọi là phương pháp thụ tinh kiểu uống tinh dịch[35]. Việc thụ tinh trong có lẽ có ở mọi loài của họ Auchenipteridae[5]. Cá da trơn thể hiện các cấp độ khác nhau trong việc thể hiện các chiến lược sinh sản. Ở các loài thuộc họ Loricariidae, sự chăm sóc của cá bố mẹ khá phát triển, với cá đực bảo vệ trứng và đôi khi cả cá bột, hoặc là bằng cách mang theo trứng hoặc là dính trứng vào mặt dưới của lớp đá hay trong các lỗ hổng[36]. Ở phần lớn các loài trong họ Ariidae, cá đực ấp trứng trong miệng. Nó mang theo một cụm trứng khá lớn trong miệng cho đến khi cá con nở ra[5].